Penyelamatan Gaara

Tim Kakashi yang mendapat misi penyelamatan Gaara langsung berangkat menuju Sunagakure. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu Temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di Suna, mereka mendapati Kankuro terkena racun mematikan oleh Sasori. Para ninja medis sudah menyerah kepada kondisi Kankuro mendapat berkah ketika tim Kakashi datang dan Sakura berhasil mentralisir racun yang ada di dalam tubuh Kankuro. Mereka lalu mencari keberadaan Akatsuki ditemani oleh nenek Chiyo. Ditengah-tengah perjalanan mereka dicegat oleh Itachi Uchiha. Pertarungan pun tidak bisa dihindarkan. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Akatsuki dan menerobos masuk. Tubuh Gaara yang sudah mati dibawa kabur oleh Deidara, salah satu anggota Akatsuki.[1][2]

Naruto dan Kakashi mengejar Deidara, sementara Chiyo dan Sakura menghadapi Sasori.Sasori berhasil dikalahkan oleh Nenak Chiyo dan Sakura.Dia mati dengan cara ditusuk jantungnya oleh pedang yang di tusukkan oleh ke-2 orang tuanya(boneka).Naruto dan Kakashi lalu mengejar Deidara yang menaiki burung tanah liat membawa Gaara. Kakashi akhirnya berhasil memojokkan Deidara dengan menggunakan Mangekyou Sharingan miliknya.[3] Naruto dengan segera menghajar Deidara habis-habisan, tetapi dia berhasil lolos. Tim Guy yang akhirnya bisa menyusul berhasil memojokkan deidara untuk kedua kalinya. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat dan melarikan diri.[4] Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh nenek Chiyo, dengan ganti nyawanya sendiri. Dan setelah Gaara hidup kembali semua ninja Sunapun datang untuk menyusul Naruto, Kakashi, dan Sakura



Sesudah itu pencarian SasukeSetelah pertempuran melelahkan melawan dua anggota Akatsuki, Naruto dkk. kembali ke Konoha. Kakashi yang tidak bisa bergerak akibat menggunakan Mangekyou Sharingan dirawat di rumah sakit dan digantikan sementara oleh juniornya, Yamato. Yamato, Naruto, dan Sakura menjadi tim baru, dan membutuhkan 1 orang lagi. Ternyata satu orang tersebut adalah Sai, yang pernah menyerang Naruto.[6] Baik naruto maupun sakura tidak menyukainya karena mulutnya yang kasar dan sikap tidak berperasaannya. Tim Yamato lalu diberi misi untuk melakukan kontak dengan mata-mata Sasori di Jembatan Tenchikyou. Dalam perjalanan Naruto dan Sai terus bertengkar, keadaan ini diperburuk dengan insiden pemukulan oleh sakura.[7] Yamato yang kesal karena tidak adanya kerjasama tim mengurung mereka bertiga dengan jutsunya, agar mereka akrab satu sama lain. [8]Akhirnya mereka sampai di jembatan. [9]

Tetapi penyamaran Yamato terbongkar[10] dan terjadilah pertarungan antara Kabuto dan Orochimaru melawan tim Yamato.[11] Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan kyuubi hingga ekor 4. [12][13][14]Kekuatannya yang dahsyat membuat Orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya Orochimaru mundur bersama Kabuto dan Sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan oleh Yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh Yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan Kyuubi.[15] Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian Sai yang agak aneh.[16] Setelah mereka sampai ke persembunyian Orochimaru, mereka dihadang oleh Kabuto. Tanpa diduga, Sai membantu tim Yamato karena tergugah dengan ikatan antara Naruto dan Sasuke.[17] Mereka lalu mencari Sasuke. Naruto bersama sai malah bertemu dengan Orochimaru, dan Naruto menyuruh Sai (yang misi utamanya adalah membunuh Sasuke) untuk mencari Sasuke. Setelah bertemu Sasuke, Sasuke malah menyerang Sai dan mengatakan pada Naruto bahwa diantara mereka sudah tidak ada ikatan.[18] Orochimaru lalu menyuruh Sasuke dan Kabuto untuk menyingkir sementara waktu.[19]

Lalu Konfrontasi Akatsuki